Nace en el embalse de Chisacá, localizado en el páramo de Sumapaz en el extremo suroriental de Bogotá, y en la localidad de Bosa desemboca en el río Bogotá, que a su vez es afluente del río Magdalena
La cuenca del Río Tunjuelo forma parte de la cuenca alta y media del río Bogotá. Al igual que el resto de los tributarios de la margen izquierda del río Bogotá (Teusacá,Siecha, Sisga…), está orientado y drenando sus aguas en dirección sur – norte; todos ellos enmarcados por la continuación de la cadena montañosa que en Bogotá se denomina Cerros Orientales. La cuenca del río Tunjuelo es la más meridional de las cuencas antes mencionadas.
La cuenca del río Tunjuelo tiene un área total de 41.427 ha, su eje principal, el río Tunjuelo, nace en el Páramo de Sumapaz por encima de los 3.700 msnm, a partir de tres cauces principales, los ríos Chisacá, Mugroso y Curubital, que al unirse conforman el río Tunjuelo propiamente dicho, el cual recorre las áreas rural y urbana del distrito para entregar sus aguas al río Bogotá, a una cota aproximada de 2.570 msnm.
